Zakażenia układu pokarmowego mogą być wywołane przez szereg patogenów bakteryjnych, wirusowych lub pasożytniczych. Rozpoznanie oparte jedynie na objawach klinicznych często jest trudne dlatego, aby podjąć decyzję o właściwej strategii leczenia konieczne jest precyzyjne ustalenie czynnika chorobotwórczego.

Infekcje o podłożu bakteryjnym zwykle przebiegają dość gwałtownie. Towarzyszą im wtedy gwałtowne, intensywne wymioty i nudności, biegunki oraz bóle brzucha. zazwyczaj objawiają się dość gwałtownie. Dodatkowymi objawami są: uczucie zmęczenia, utrata apetytu czy wreszcie złe samopoczucie. Najczęstszymi bakteriami patogennymi odpowiadającymi za infekcje są: Escherichia coli, Salmonella spp., Shigella spp. , Yersinia enterocolitica, Clostridium difficile. Te i inne bakterie zostały opisane w panelu Bakteryjne infekcje pokarmowe.

Wirusowe zakażenia przewodu pokarmowego są główną przyczyną biegunek u niemowląt i małych dzieci. Większość stwierdzanych infekcji to skutek bezpośredniego kontaktu ze skażonym pożywieniem lub nosicielem wirusa. Zakażenia wywoływane są przez wirusy specyficzne dla ludzi (zakażające tylko człowieka) i przenoszone są drogą fekalno-oralną. Zatrucia pokarmowe wywoływane przez wirusy są trudniejsze do uniknięcia, bo zwykle skażona żywność i woda wyglądają i smakują normalnie. Wirusy nie zmieniają cech produktów, a do zakażenia żywności wirusami może dojść na każdym etapie produkcyjnym. Infekcje o podłożu wirusowym są dużo bardziej zaraźliwe niż te o podłożu bakteryjnym. Obok, cieszących się złą sławą, rotawirusów, wśród wirusów powodujących infekcje układu pokarmowego wymienić należy adenowirusy, norowirusy, sapowirusy i astrowirusy. Szczegółowy opis znajduje się tutaj: Panel infekcji układu pokarmowego: WIRUSY.

Ostatnią grupą wykrywanych w tym panelu organizmów odpowiedzialnych za infekcje pokarmowe są pierwotniaki - pasożyty jelitowe, których bytowanie w ciele człowieka może nie wywoływać żadnych objawów, albo powodować nietypowe symptomy.  Szczegółowy opis znajduje się tutaj:  Panel infekcji układu pokarmowego: PASOŻYTY JEDNOKOMÓRKOWE (PIERWOTNIAKI).

Materiałem do badania jest kał. Materiał może zostać pobrany samodzielnie. Przed pobraniem próbki kału, w razie potrzeby, należy opróżnić pęcherz moczowy. Materiał do badań należy pobrać możliwie najszybciej od pojawienia się pierwszych objawów i jeszcze przed rozpoczęciem leczenia przeciwdrobnoustrojowego. Przy nawracających biegunkach materiał należy pobrać w okresie występowania objawów. Do badania należy pobrać próbkę kału nie większą niż pestka wiśni. W przypadku materiału kałowego płynnego należy pobrać około 1 ml.

Instrukcja pobrania próbki kału:

1. Opisz probówkę imieniem, nazwiskiem i datą pobrania.
2. Umieść podkładkę toaletową dołączoną do zestawu na desce sedesowej i oddaj kał na podkładkę toaletową.
3. Umyj ręce i załóż rękawiczki.
4. Otwórz probówkę i opakowanie z wymazówką. Trzymając patyczek wymazówkowy uważaj, aby nie dotknąć jego końcówki. Końcówką wymazówki przeciągnij po całej długości kału. Następnie przenieś ją do podłoża znajdującego się w probówce. Zwróć uwagę, że całość zebranego materiału musi mieścić się w objętości podłoża, czyli być całkowicie zanurzone w substancji w probówce. Odłam końcówkę wymazówki (w miejscu zaznaczonym na czerwono), aby zmieściła się w probówce z podłożem transportowym
5. Zakręć szczelnie probówkę i wytrząsaj góra-dół przez około 1 minutę.
6. Podkładkę toaletową z pozostałym materiałem wrzuć do toalety, odczekaj do momentu gdy papier nasiąknie wodą, a następnie spłucz.
7. Zdejmij rękawiczki i umyj ręce.

Probówkę z pobranym materiałem można przechowywać i transportować w temperaturze pokojowej maksymalnie do 7 dni od pobrania.

Czas wykonania badania: do 7 dni roboczych od dnia dostarczenia materiału do laboratorium