fbpx

Technologia

GenXone oferuje sekwencjonowanie NGS (ang. next generation sequencing) w technologii nanoporowej stworzonej przez Oxford Nanopore Technologies. Ta unikatowa technologia pozwala analizować kwasy nukleinowe bez konieczności wprowadzenia kroku amplifikacji w trakcie tworzenia biblioteki.

Proponujemy sekwencjonowanie w dwóch podstawowych wariantach biblioteki (1D oraz RAPID) wraz z pełną gamą dostępnych modyfikacji. Przed przystąpieniem do sekwencjonowania, każdorazowo na podstawie kryteriów ilościowych i jakościowych, w uzgodnieniu z klientem, ustalamy wyboru właściwej metody.

Sekwencjonowanie 1D możliwe do przeprowadzenia w jednej z trzech opcji:  

  • bez fragmentacji i amplifikacji materiału genetycznego
    • długości uzyskanych odczytów sięgają nawet kilkuset tysięcy par zasad, w zależności od materiału i zastosowanej metody izolacji;
    • dedykowana dla zastosowań związanych z maksymalizacją długości odczytów przy zachowaniu średnich wartości przepustowości;
    • polecane do tworzenia scaffoldów i analizy dużych rearanżacji w genomach eukariotycznych;
    • możliwość multipleksowania do 24 próbek;
  • z fragmentacją i bez amplifikacji materiału genetycznego 
    • fragmentacja mechaniczna (g-tube) materiału genetycznego w zakresie: 6 – 20 kpz w zależności od oczekiwań i wyjściowych parametrów DNA;
    • dedykowana dla zastosowań związanych z maksymalizacją przepustowości sekwencjonowania m.in. do resekwencjonowania genomów, próbek DNA środowiskowego (metagenomu);
    • długość uzyskanych odczytów zależna od długość uzyskanej w trakcie fragmentacji;
    • możliwość multipleksowania do 24 próbek;
  • z amplifikacją materiału genetycznego
    • z zastosowaniem fragmentacji mechanicznej (g-tube) oraz dodatkowego kroku amplifikacji PCR w przypadku gdy nie jest dostępna wystarczająca ilość materiału genetycznego;
    • długość odczytów 3 – 8 kpz;
    • możliwość multiplexowania do 96 próbek w jednym sekwencjonowaniu.

Sekwencjonowanie RAPID możliwe do przeprowadzenia w dwóch opcjach:

  • bez amplifikacji
    • losowa fragmentacja materiału genetycznego dokonywana przez transpozazę;
    • polecana do sekwencjonowania próbek DNA środowiskowego (metagenom), a także szybkiej analizy niewielkich genomów (wirusy, bakterie, drożdże itp.);
    • długość uzyskanych fragmentów pokrywa się z rozkładem normalnym i jest zależna od długości fragmentów DNA po izolacji;
    • możliwość multipleksowania do 12 próbek;
  • z amplifikacją
    • modyfikacja metody RAPID oparta o losową fragmentację i amplifikację DNA;
    • przeznaczona dla próbek o niskiej koncentracji DNA (input 1-5ng total);
    • długość odczytów 2 – 5 kpz;
    • możliwość multipleksowania do 12 próbek.

WYKORZYSTYWANA TECHNOLOGIA

Sekwenator PromethION:

  • nawet do 120GB danych z pojedynczej płytki sekwencjonującej (flow cell);
  • do 48 sekwencjonowań jednocześnie;
  • sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym;
  • wysoka przepustowość i wydajność sekwencjonowania.

Sekwenator GridION:

  • nawet do 20GB danych z pojedynczej płytki sekwencjonującej (flow cell);
  • do 5 sekwencjonowań jednocześnie;
  • sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym;
  • szybkość sekwencjonowania.