W genXone świadczymy usługi sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Wykonujemy sekwencjonowanie kwasów nukleinowych w technologii nanoporowej opracowanej przez Oxford Nanopore Technologies (ONT) zaliczanej do tzw. technologii długich odczytów.
Technologia nanoporowa umożliwia szybkie, wydajne oraz konkurencyjne cenowo sekwencjonowanie kwasów nukleinowych.
W swojej działalności wykorzystujemy sekwenatory (GridION, PromethION) charakteryzujące się zróżnicowaną przepustowością dostosowaną do szerokiego spektrum analiz genetycznych – od sekwencjonowania pojedynczych amplikonów do złożonych projektów obejmujących sekwencjonowanie de novo dużych genomów eukariotycznych. 

Więcej informacji o technologii sekwencjonowania nanoporowego znajdziesz tutaj.

Przewagi sekwencjonowania nanoporowego

Długie odczyty

Technologia nanoporowa ze względu na swoją charakterystykę umożliwia generowanie odczytów (ciągów sekwencji nukleotydowej) o długości ograniczonej jedynie wielkością analizowanego fragmentu kwasu nukleinowego. Ta unikatowa właściwość niesie za sobą niezaprzeczalne przewagi w etapach analizy bioinforamtycznej obejmujących m.in składanie genomów de novo, analizy wariantów strukturalnych oraz regionów powtórzonych.

Sekwencjonowanie natywnego DNA/RNA

Bezpośrednia analiza sekwencji DNA/RNA eliminuje błędy wynikające z amplifikacji materiału genetycznego metodą PCR w etapach przygotowania biblioteki. Sekwencjonowanie natywnych fragmentów kwasów nukleinowych pozwala na analizę zmian w poziomie metylacji a także na bezpośrednia identyfikację innych modyfikacji zasad nukleotydowych.

Dokładność odczytów

Zastosowanie najnowszej chemii wraz z kompatybilnym flow cell umożliwia uzyskanie średniej jakości pojedynczego odczytu na poziomie wartości QS (Phred Quality Score) 20. W połączeniu z wykorzystaniem algorytmów korygujących (ang. polishing), jakość sekwencji konsensusowej osiąga wartość  QS>30.

Nasza oferta

Sekwencjonowanie całogenomowe

Usługa sekwencjonowania NGS materiału genetycznego pochodzącego od dowolnego organizmu w technologii długich odczytów. Dzięki zastosowaniu technologii nanoporowej możemy z powodzeniem składać genomy de novo oraz analizować: warianty strukturalne, translokacje chromosomowe, haplotypy i geny fuzyjne. 

Usługa może obejmować sekwencjonowanie dowolnego genomu:

• bakterii
• grzybów, drożdży
• wirusów, bakteriofagów
• roślin
• zwierząt
• człowieka

Możliwe jest wykonanie izolacji DNA w naszym laboratorium z dostarczonego materiału biologicznego jak również wykonanie sekwencjonowania z dostarczonych przez zamawiającego izolatów

Sekwencjonowanie metagenomowe

Sekwencjonowanie genu 16s rRNA i/lub ITS

• Sekwencjonowanie genu 16s rRNA (regiony V3-V8 lub V1-V9)
• Sekwencjonowanie regionów ITS (region ITS1-5.8S-ITS2)
• Sekwencjonowanie genu 18s rRNA

Standardowa  usługa obejmuje izolację DNA, amplifikację wybranego regionu, sekwencjonowanie uzyskanych fragmentów w technologii nanoporowej wraz z przypisaniem etykiety taksonomicznej do uzyskanych odczytów.

Wykonujemy także rozszerzone analizy bioinformatyczne i statystyczne, a ich zakres i formę wyniku ustalamy zawsze indywidualnie wychodząc naprzeciw potrzebom naszych klientów.

Sekwencjonowanie metagenomowe metodą shotgun

Całogenomowe sekwencjonowanie materiału genetycznego zawartego w próbce środowiskowej. Rozwiązanie umożliwia kompleksową analizę składu i potencjału biologicznego organizmów obecnych w badanym materiale. Zastosowanie sekwencjonowania nanoporowego pozwala na wierne odtworzenie profilu taksonomicznego, bez błędów wynikających z procesu amplifikacji. Zastosowanie technologii długich odczytów usprawnia dalsze etapy analizy związane z: składaniem de novo genomów obecnych w próbce, analizą szlaków metabolicznych czy identyfikacją genów związanych z antybiotykoopornością, wirulencją itp.

W zależności od zdefiniowanych oczekiwań i celu eksperymentu możemy wykonać płytkie sekwencjonowanie metagenomowe umożliwiające identyfikację taksonomiczną do poziomu gatunku lub głębokie sekwencjonowanie metagenomowe w celu identyfikacji mikroorganizmów, złożenia genomów de novo oraz wykonania adnotacji funkcjonalnej.

Analiza metylacji DNA

Sekwencjonowanie nanoporowe umożliwia bezpośrednią detekcję zmodyfikowanych zasad nukleotydowych bazując na odmiennym wzorze zmian zaburzeń potencjału elektrycznego w trakcie translokacji zmodyfikowanego nukleotydu przez nanopore. Ten unikatowy mechanizm detekcji pozwala na identyfikację nie tylko zmian standardowo analizowanej metylacji nukleotydów ale także każdej innej modyfikacji bezpośrednio z izolatu materiału genetycznego, bez konieczności przeprowadzania dodatkowych reakcji enzymatycznych. W końcowym efekcie analiza umożliwia poznanie rzeczywistego wzoru modyfikacji nukleotydów obecnych w analizowanym materiale genetycznym.

Sekwencjonowanie plazmidowego DNA

Usługa umożliwia odtworzenie pełnej sekwencji plazmidu w szybkim czasie przy relatywnie niskiej cenie. Długie odczyty pokrywające pełną sekwencję zapewniają wysoką jakość i dokładność uzyskanej sekwencji konsensusowej plazmidu. Rozwiązanie zapewnia możliwość analizy poprawności sekwencji i orientacji insertu a także dostarcza informacji o sekwencji pozostałych istotnych elementów i regionów obecnych w plazmidach.

Sekwencjonowanie transkryptomu

Sekwencjonowanie NGS natywnych cząsteczek mRNA posiadających ogon poli A umożliwiające analizę pełnej sekwencji transkryptów, modyfikacji RNA, wariantów splicingowych oraz transkryptów fuzyjnych.

Technologia sekwencjonowania nanoporowego została stworzona w celu sekwencjonowania natywnego materiału genetycznego i uzyskiwania długich odczytów, a w kontekście sekwencjonowania RNA – uzyskiwania odczytów o długości odpowiadającej długości transkryptów. Oznacza to, że w trakcie przygotowania materiału genetycznego do sekwencjonowania nie poddajemy go ani fragmentacji (by uzyskać określony rozkład fragmentów), ani też nie poddajemy amplifikacji.

Analiza bioinformatyczna

Analiza bioinformatyczna wykonywana jest zgodnie z wymaganiami i zapotrzebowaniem klienta, może ona obejmować: składanie genomów de novo, składanie hybrydowe (przy wykorzystaniu przygotowanej wcześniej analizy nanoporowej oraz przekazanych przez klienta odczytów z alternatywnych technologii), uliniowienie odczytów do genomów czy sekwencji referencyjnych, adnotację funkcjonalną, wykrywanie mutacji punktowych i strukturalnych.

W przypadku zainteresowania ofertą cenową lub usługami nie wymienionymi powyżej prosimy o kontakt pod adresem e-mail: bok@genxone.eu. Z przyjemnością odpowiemy na wszelkie pytania a dokładna oferta zostanie przygotowana w oparciu o ustalone indywidualnie szczegóły analizy.

GDZIE WYSŁAĆ PRÓBKI?

Adres do wysyłki to:

genXone S.A.
Laboratorium B+R
ul. Kobaltowa 6
62-002 Złotniki

tel: +48 888 602 308
e-mail: office@genxone.eu

📝 Formularz zlecenia sekwencjonowania