Zarażenia przewodu pokarmowego wywołane przez pierwotniaki często przebiegają bezobjawowo, a te z objawami mają charakter przewlekły i inwazyjny. Okres wylęgania się zarażenia jest dłuższy niż w przypadku infekcji bakteryjnych i wirusowych. Pasożyty żyjąc w organizmie człowieka, chcą stworzyć sobie najlepsze warunki do rozmnażania, nie będą więc dążyły do zabicia żywiciela. Dlatego czasem trudno skojarzyć zmiany w funkcjonowaniu organizmu z nosicielstwem pierwotniaka.

Giardia lamblia – inaczej ogoniastek jelitowy, pierwotniak zamieszkujące jelita cienkie ludzi na całym świecie. Czasem występuje także u zwierząt. Do źródeł zarażenia należą: bezpośredni kontakt z chorą osobą, skażona woda oraz żywność. Giardia jest jedną z głównych przyczyn biegunki podróżnych. Giardioza (dawniej lamblioza) może przebiegać bezobjawowo lub pojawiają się:

• biegunka (może być ostra)
• nudności
• napadowe bóle w okolicach pęcherzyka żółciowego lub żołądka
• wymioty
• skurcze brzucha i/lub wzdęcia
• nieodżywienie, utrata masy ciała
• czasami objawy oddechowe podobne do astmy
• rzadko gorączka
• rzadziej wysypka, swędzenie, alergie, afty
• zapalenie błony naczyniowej oka czy błony maziowej stawów.

Objawy u osób ze zdrowym układem odpornościowym utrzymują się od 1 do 3 tygodni, czasem dłużej. Nieleczone mogą przeistoczyć chorobę w stan przewlekły. W przewlekłej formie choroby rzadko pojawia się biegunka, często za to luźne stolce, bóle w jamie brzusznej, dyskomfort, wzdęcia, utrata masy ciała, gazy. Nieleczona może prowadzić do trwałych uszkodzeń, zwłaszcza u dzieci. A to właśnie dzieci w wieku 2-5 lat są szczególnie narażone na zarażenie.

Entamoeba histolytica (pełzak czerwony) – pierwotniak bytujący w jelitach grubych, osób zamieszkujących zwykle w klimatach tropikalnych i subtropikalnych. Podobnie jak w poprzednim przypadku, zarazić pełzakiem można poprzez bezpośredni kontakt z chorą osobą, skażonymi przedmiotami, poprzez spożycie zanieczyszczonej wody oraz żywności.
Objawy pełzakowicy:

• biegunka z krwawą lub ropną wydzieliną
• bardzo silne bóle poniżej pępka, z wyczuwalnym „guzem”
• gorączka
• bóle głowy
• nudności
• osłabienie
• owrzodzenie jelita i czasem owrzodzenia innych narządów, np. nerek lub wątroby.

Cryptosporidium parvum – to pasożyt wewnątrz komórkowy, który wywołuje kryptosporidiozę. Podobnie jak pozostałe pierwotniaki do zarażenia dochodzi przez bezpośredni kontakt z chorą osobą lub zwierzęciem lub poprzez spożycie skażonej wody i żywności. Zwłaszcza w podróży należy uważać na surowe warzywa, owoce, wodę z kranu, niedogotowane mięso, jaja na miękko czy niepasteryzowane mleko i jego przetwory.
Jest szczególnie niebezpieczny dla osób o obniżonej odporności. Może działać wyniszczająco i doprowadzić nawet do śmierci.
Kryptosporydioza może przebiegać bezobjawowo lub pojawiają się objawy:

• biegunka
• wysoka gorączka
• wymioty
• kurczowe bóle brzucha
• brak apetytu, utrata wagi.

Blastocystis hominis to jeden z najczęściej stwierdzanych pierwotniaków bytujących w przewodzie pokarmowym człowieka. Drogi zarażenia są analogiczne jak u pierwotniaków powyżej: bezpośredni kontakt z chorą osobą, skażonymi przedmiotami, spożycie zanieczyszczonej wody i żywności.
Objawy blastocystozy:

• może przebiegać bezobjawowo
• biegunka
• bóle brzucha i wzdęcia
• przewlekłe zaparcia
• przewlekłe dolegliwości żołądkowo-jelitowe
• pokrzywka
• utrata apetytu
• nudności
• krew w kale
• złe samopoczucie,
• swędzenie odbytu,
• bolesne parcie na stolec,
• alergie.

Dientamoeba fragilis – czyli pierwotniak kałowy to jeden z mniejszych pierwotniaków pasożytujących w przewodzie pokarmowym człowieka, a lokalizuje się w jelicie grubym. Do zakażenia dochodzi przez przypadkowe połknięcie jaj owsików (pierwotniak kałowy jest często przytwierdzony do takich jaj) lub jaj innych pasożytów. Pozostałe źródła zarażenia odpowiadają zarażeniom innymi pasożytami i są to: bezpośredni kontakt ze skażonym przedmiotem, spożycie zanieczyszczonej wody lub jedzenia.
Dientameboza najczęściej przebiega bezobjawowo u dorosłych, u dzieci zwykle z objawami:

• biegunka (brązowozielone stolce, czasem z domieszką śluzu)
• ból brzucha
• brak apetytu.

Cyclospora cayetanensis – pierwotniak ten występuje na całym świecie, a do zarażenia dochodzi najczęściej przez spożycie skażonej wody i/lub żywności. Co ciekawe, bezpośredni kontakt z chorą osobą nie stanowi zagrożenia. Jest to jedna z częstszych przyczyn biegunki podróżnych. Jest groźna dla osób z niedoborami odporności.
Objawy cyklosporozy:
• nawracająca, wodnista biegunka (bez śluzu i krwi),
• zaparcia w okresie wyciszenia,
• wzdęcia, gazy, odbijanie,
• kurczowe bóle brzucha i nudności,
• utrata apetytu i utrata masy ciała,
• wymioty
• bóle mięśni,
• gorączka.
Cyklosporoza może mieć też przebieg bezobjawowy.