Całogenomowe sekwencjonowanie materiału genetycznego zawartego w próbce środowiskowej. Rozwiązanie umożliwia kompleksową analizę składu i potencjału biologicznego organizmów obecnych w badanym materiale. Zastosowanie sekwencjonowania nanoporowego pozwala poznać prawdziwy profil taksonomiczny, niezaburzony przez proces amplifikacji. Zastosowanie technologii długich odczytów usprawnia dalsze etapy analizy związane z: składaniem de novo genomów obecnych w próbce, analizą szlaków metabolicznych czy identyfikacją genów związanych z antybiotykoopornością, wirulencją itp.
Analiza pozwala m. in. na:
- szybką identyfikację drobnoustrojów w badanym środowisku mogących mieć wpływ na rozwój chorób roślin, zwierząt i ludzi;
- wykrycie kontaminacji surowców i gotowych produktów w przetwórstwie spożywczym;
- kontrolę mikrobiologiczną procesu produkcji w serowarstwie, browarnictwie, przetwórstwie rybnym, farmacji itp.;
- monitorowanie i diagnostykę roślin uprawnych, zwierząt hodowlanych i domowych.
Sekwencjonować można próbki:
- środowiskowe np. gleby, wody, ścieków;
- kału;
- żywności.
Usługa obejmuje wykonanie sekwencjonowania materiału genetycznego na platformie GridION lub PromethION (w zależności od zapotrzebowania na dane), oraz podstawowe etapy przetwarzania danych: rozbarkodowanie i filtrowanie danych (tj. usuwanie sekwencji adaptorowych oraz odczytów o słabej jakości), a także utworzenie raportu statystyk z przeprowadzonego sekwencjonowania. W skład usługi wchodzi również przyrównanie uzyskanych sekwencji do biologicznych baz danych i przedstawienie wyników klasyfikacji taksonomicznej w formie graficznej lub tabelarycznej. Możliwe jest także zamówienie dodatkowych analiz tj. składanie genomów obecnych w próbce czy analiza genów związanych z antybiotykoopornością.
Wyniki analizy przekazywane są w formie plików .fastq lub .fast5.
W przypadku zainteresowania usługą (np. sekwencjonowanie gleby) prosimy o kontakt pod adresem email: bok@genxone.eu. Dokładna oferta zostanie przygotowana w oparciu o ustalone szczegóły analizy.