W genXone na co dzień przyglądamy się genomom różnych organizmów, odczytując ich dokładną sekwencję za pomocą sekwencjonowania nanoporowego. Daje nam to okazję poznawać i lepiej rozumieć mechanizmy życia. Dlatego w obliczu trwającej epidemii naturalnym dla nas krokiem było odczytanie i zbadanie sekwencji genomów koronawirusa SARS-CoV-2.

Analiza sekwencjonowania koronawirusa

Analizie sekwencjonowania poddaliśmy genotypy wirusa SARS-CoV-2, które zostały zidentyfikowane w naszym Laboratorium Diagnostyki Molekularnej. Pojedynczy genom wirusa niesie ze sobą informację o historii jego mutacji i właśnie sekwencjonowanie pozwala poznać dokładne dane, z których możemy odtworzyć na przykład ścieżkę kolejnych zakażeń. Porównanie genomów wielu koronawirusów pozwoliło nam odtworzyć drzewo genealogiczne, na którym powstają charakterystyczne rozwidlenia w momencie każdej kolejnej mutacji. Aby zapoznać się z taką mapą genetyczną koronawirusa zachęcamy do przeczytania poprzedniego wpisu – Analiza międzynarodowej bazy genomów koronawirusa.

Mutacja koronawirusa w Polsce

Proces ewolucji wirusa SARS-CoV-2 można zaobserwować bezpośrednio w komórkach osób zbadanych w genXone. Zsekwencjonowane próbki pokazują, że u jednego pacjenta możliwe jest wystąpienie nawet dwóch różnych wariantów koronawirusa jednocześnie. Zidentyfikowaliśmy przynajmniej 2 takie próbki.

Przeanalizowane sekwencje polskich koronawirusów generalnie pasują do europejskich wzorców. W Europie wskazujemy przedstawicieli dwóch głównych szczepów: B.1/GH oraz B.1.1/GR oraz brak widocznych wirusów związanych bezpośrednio z Chinami. Dokładniejsze spojrzenie na wynik analizy pozwala podejrzewać, iż szczep B.1/GH przybył do nas z Niemiec. Natomiast w przypadku szczepu B.1.1/GR jego gałęzie obecne były już w marcu w Anglii, Austrii, Czechach, Niemczech, a także w Polsce. Nie pozwala to wyłonić konkretnego kierunku przepływu wirusa, a nawet należy zwrócić uwagę na to, że wirus mógł przemieszczać się w obie strony – z zagranicy do Polski, jak i z Polski za granicę do wymienionych krajów.

Mutacja koronawirusa – ciekawostka

Warte uwagi są przypadki, które zaobserwowaliśmy w próbkach z województwa łódzkiego. Otóż zidentyfikowaliśmy tutaj 5 próbek, które posiadają charakterystyczny wariant widoczny jedynie u czterech innych osób na świecie. Są to trzy próbki z Anglii oraz jedna z USA. Sekwencje genomów tych wirusów wskazują prawdopodobieństwo, iż jeden z pacjentów w Anglii (w kwietniu br.) był zarażony koronawirusem posiadającym nowy wariant, a następnie wirus mutant zawędrował do województwa łódzkiego, gdzie dalej ewoluował niezależnie od dwóch pozostałych angielskich przypadków. Próbka z USA jest natomiast odrębnym, wczesnym (zidentyfikowana w marcu br.) przypadkiem tej samej mutacji. Wariant ten może okazać się powracający lub rekombinowany, a także istotny z punktu widzenia zaraźliwości wirusa, ponieważ widocznie zmienia on aminokwas w białku S “Spike”, który pozwala wnikać wirusowi w ludzkie komórki przez łączenie się z receptorem ACE2 osadzonym w błonie komórkowej.